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伊贺桃与上野青是超级推理狂女高中生。她们隶属于三重县伊贺市贺野高中广播社，然而，她们会加入广播社只是因为「没有推理研究社」。某天，总是在偷懒的两人，被生气的社长赶去采访伊贺乡悬疑推理之旅。总是梦想要成为侦探的两人在采访时被卷入事件中。在日本忍者与诗人松尾芭蕉的故乡，事实的真相亦被掩埋于俳句与忍者面罩之后。身为好友亦是劲敌的二人，能活用小桃的直觉和小青的逻辑能力解决事件吗？
学园一角的墙壁上，一到天黑就会映出学生们的影子。某个夜晚，墙壁上出现了可怕的场面……。
京都名门高中接二连三地发生凶恶事件。身为古生物部部长的化石少女玛利亚，带着唯一的男部员，进行各种离奇古怪推理？
他，小四的外表，喜欢打扫厕所，自称全知全能的神，不但准确指出凶手，还能降下让人惊呆的天诛……
神降市发生连续杀猫事件，芳雄暗恋的同班同学小满的爱猫也遇害了。当镇上因此闹得沸沸扬扬时，谜样转学生――铃木太郎淡定指出杀猫犯人是谁。铃木自称为「神」，扬言世上每一件事都在他的掌握之中。
这时，又发生一宗命案，铃木仍然一副全盘了然于胸的模样，还说他可以降下「天诛」严惩凶手，这会不会太扯了？芳雄该相信这个转学生说的大话吗？他又将迎来什么样的「神结局」？！
二十年前，年轻的理想主义者在孤岛上建立了乌托邦。他们将一位名叫“和音”的少女奉为神明，倾注了自己的全部情感。然而，神却无情地幻灭了，理想主义者只能背负着宿命回到现实中。
二十年后，大家重新聚会到曾经属于神的国度。他们惊奇地发现，一个与“和音”一模一样的少女出现在了眼前。难道那个消失的神明，已经悄然复活？！
神明似乎并不想宽恕背叛者。在一个盛夏的夜晚，天空居然飘下了片片雪花；接着，一连串不可思议的报复开始了……
身着古装，手持折扇；翡翠左眼，身姿凛然；究极之谜，究极的美少女；究极的傲娇侦探——御陵美影，登场！
十秒、二十秒……时间静静地流逝。少女依然纹风不动，只有从河面吹来的微风，拂动着她的黑发和樱花色的水干。
——不久，少女再次睁开右眼，用充满自信的声音说：“我的左眼，能看透一切真相。”
丧失了一切生存意义，自我放逐的大学生种田静马，来到了位在信州深山的栖苅村。传说中，这里曾是半神半人的女英雄“须轻”，以蓬莱之琴击败巨龙的场所；然而，放浪的静马对这故事一无所知，只是每天坐在龙首化成的巨岩上，顺着龙吹起的落山风，漫无目的地仰望着蔚蓝而狭窄的天空。
直到，那名不可思议的少女出现……