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★故事设定于「人类补完计画」未发生的三年后的世界……
★《新世纪福音战士》机械设定山下 いくと亲自执笔，全新故事、机体充满魅力！
这是「人类补完计画」遭到碇真嗣阻止的世界……
昔日的特务机关NERV重新编组为「NERV JPN」，
在总司令──葛城美里的领导下，已经十七岁的适任者防备使徒卷土重来。
但是，扛起全球使徒侦测歼灭网的「四个」绫波零之一──
No.卡特尔突然失控。
真嗣试图阻止她，却连同初号机被伽玛射线雷射轰穿而消失……
从电视动画第二十四集产生分歧的另一个《新世纪福音战士》可能性的故事，
经过十年后在此复苏。